时间来到了危机纪元，一名叫做程心的女博士加入了一个组织，这个组织要发射探测器去侦查三体世界。经过讨论，确定了程心的阶梯计划，并且计划送你一个人的大脑去侦查。
程心选定了他的同学云天明，但是这个计划最终破灭了。探测器发生了偏差，消失在了茫茫宇宙中，虽然计划失败，但是她去冬眠了。
时间来到威慑纪元，人类在末世战争中残余的部队准备前往其他星系。其中一艘叫做青铜时代号的战舰，收到了来自地球的要求返回消息，加速返回，不料被军官所拘留，原因是因为他们杀死了另一个战舰里的人，大多数人都判了刑。蓝色空间号战舰很怀疑消息的真实性，然后他们收到了青铜时代号发来的威胁的消息，快速的逃离了太阳系，地球派出了引力波飞船万有引力号追杀。三体世界也帮忙。
后来，程心在人民的意愿下成为了威胁三体世界的人。三体世界立刻做出反击，毁了地球的所有威慑系统，并要求人类移民澳大利亚。最终，上亿的人口来到了澳大利亚。这时，三体的飞船速度竟然达到了光速，预计几年后来到地球。
不过我在阴交阳错之下，蓝色空间号劫持万有引力号发射引力波，给地球一次机会，继续向太空深处航行。
开始为防御黑暗森林打击做出努力。暂时再一次发生了转变，云天明没有迷失，现在是三体世界的一员，并且他通过程心传播情报，情报包括有黑域和光速飞船的。但是人类还是自作主张的建立了掩体，以为这样能够防住打击。但是最终还是被击垮了。太阳系被二维化了。
但是又是机缘巧合之中，程心和他的助手坐光速飞船离开了太阳系。她们见到了银河系人类之一关一凡，并与他进行了交谈，他们决定去寻找云天明，助手独自一队伍。是很可惜，他们落入了一个死亡陷阱中，光速很低，他们永远的陷到里面了。
不过这是云明天给她的一个礼物，在这个空间里没有时间，宇宙外的时间会加速不过她还是和他永远的分别了。但是，程心和关一凡，可以在那个空间里等待宇宙末日，通过新一次的宇宙大爆炸，来到一个新的宇宙。那是一个新的且美好的宇宙。
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